Pada akhir dasawarsa 1940-an, PKI yang dipimpin Muso merongrong RI. Melakukan pemberontakan di Madiun atau biasa disebut Madiun Affair pada pertengahan 1948. Mau tidak mau, TNI turun tangan untuk menghentikan PKI yang mencabik- cabik negeri dari belakang. Batalyon Mudagin bertugas menghadapi Muso antek-anteknya.
Tidak ketinggalan, dr Iskak mengikuti Batalyon Mudagin. Itu terjadi pada Maret 1948. Batalyon Mudagin mendapat tugas memadamkan pemberontakan di selatan, meliputi Kediri, Tulungagung, Trenggalek, hingga Ponorogo. Setelah melalui perjuangan yang berat, akhirnya Muso dan pengikutnya berhasil dibasmi. Muso berhasil ditembak mati oleh TNI. Dr Iskak ikut menyaksikan kematian Muso di RS Ponorogo pada pertengahan 1948.
Setelah pemberontakan Muso dipadamkan, dr Iskak ingin mengabdi penuh di dunia kedokteran. Beliau mengajukan berhenti dari kesatuan TNI. Maka, pertengahan Desember 1948 surat keputusan pemberhentian dengan hormat untuk dr Iskak pun turun. Pangkat terakhir yang disandangnya di TNI adalah Letnan Kolonel. Sebenarnya, permohonan berhenti itu sudah diajukan setahun sebelumnya. Atas jasa-jasa dr Iskak dalam perjuangan merebut kemerdekaan, Presiden Soekarno menganugerahi tanda kehormatan bintang gerilya.
